Eskişehir'de ilk müze, çevreden toplanan arkeolojik eserlerin, 1944 yılında Alaadin Camii'nde depolanması ile kurulmuştur.
Eserler daha sonra Kurşunlu Camii ve Külliyesi'n-deki medrese odalarında korunmaya alınıp, bahçesinde teşhir edilmiştir. Müze Atatürk Bulvarı üzerindeki binasına 2974 yılında taşınmıştır. Müzede; bölgede yapılan Şarhö-yük. Pessinus, Küllüoba, Orman Fidanlığı, Karacaşehir. Çavlum Mezarlığı. Kocakızlar tümülüsü kazılarında bulunan eserler sergilenmektedir. Bunun yanında satın alınma yolu ile gelen eserler, bahçe ve müze içi teşhiri olarak ziyarete açılmıştır. Müzede Tunç Çağından - Selçuklu dönemine kadar birçok eser görülebilir.
